Diagram Mermaid przedstawiający, jak zbudowany jest Metabase: frontend w React i SDK do osadzania komunikują się z backendem w Clojure, który obsługuje uwierzytelnianie, uprawnienia, zapytania i buforowanie, zanim przekaże żądania przez warstwę sterowników do ponad 20 łączników baz danych. Moduł enterprise dodaje SSO, sandboxing i zaawansowane osadzanie, natomiast baza aplikacji przechowuje własne metadane Metabase oddzielnie od hurtowni danych klientów, z którymi się łączy.