Diagram w Mermaid przedstawiający, jak zbudowany jest Metabase: frontend w React i embedding SDK komunikują się z backendem w Clojure, który obsługuje uwierzytelnianie, uprawnienia, zapytania i buforowanie, a następnie kieruje żądania przez warstwę sterowników do ponad 20 konektorów baz danych. Moduł enterprise dodaje funkcje SSO, sandboxingu i zaawansowanego osadzania, a baza aplikacji przechowuje własne metadane Metabase, oddzielnie od hurtowni danych klientów, do których się podłącza.